Recorriendo el estuario del río Muisne, es predominante la presencia de mangle a manera de paredes que bordean los canales por donde se transita. Estas paredes de mangle poseen una altura que va desde los 3 metros hasta los 20 metros, donde se aprecia las formas que toman estas especies y se identifica fácilmente las características de ciertos tipos de mangle. Hacia la parte sur, cerca de San Gregorio, se encuentra mangle de grandes dimensiones que pueden sobrepasar los 25 metros de alto y un bosque de mangle más denso. Se observa piscinas de camaroneras con sus caseríos y tuberías a lo largo del recorrido.
En marea baja, se descubre el suelo y raíces, mostrando la existencia de crustáceos y moluscos en su comportamiento habitual. Las aves se mantienen en las copas de los mangles formando manchas de colores en ciertas zonas donde su presencia es abundante, sin embargo, es usual encontrarlas en vuelo y alimentándose en las bases de las raíces al tiempo de marea baja. Se distinguen las embarcaciones artesanales que recorren el sistema estuarino a través de los canales formados naturalmente; los esteros de mayor importancia son los de bilsa, tortuga, cuerval, chontaduro, ostional, tortuga, satinga, caletón.
El estuario del Río Muisne es también conocido como la ¨ciudad de los manglares¨ por ser uno de los escasos ecosistemas que acoge todas las especies de mangle en una misma zona.
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